Бүгінгі күні ҚММУ медициналық кадрларды үздіксіз оқытудың көп деңгейлі құрылымын енгізді. Оның құрамына орта деңгейлі медицина қызметкерлерін даярлайтын медициналық колледж, сондай-ақ жыл сайын үш мыңнан астам дәрігерлер өздерінің кәсіби деңгейлерін көтеретін үздіксіз біліктілікті арттыру факультеті кіреді. Университетте кредиттік оқыту технологиясы және үш сатылы оқыту моделі енгізілді: бакалавр - магистр - доктор РhD. 2013 жылы «Биология» және «Фармацевтикалық өндіріс технологиясы» бакалавриатының жаңа мамандықтары ашылды. Қазіргі уақытта ҚММУ-да ғылыми-педагогикалық кадрларды даярлау магистратура және PhD докторантура шеңберінде «Медицина», «Қоғамдық денсаулық сақтау», «Мейірбике ісі», «Фармация», «Фармацевтикалық өндіріс технологиясы», «Медициналық-профилактикалық бизнес» мамандықтары бойынша жүзеге асырылады.